スーパーロボット大戦でおなじみの方法です。前後編に分かれている所ではできませんので注意。敵を倒し資金を稼いだら母艦などに全ユニット帰還させて全滅させ「GAME OVER」になると自動的にそのシナリオの最初からはじまります。稼いだ資金はそのまま残るので繰り返せば資金が貯まります。

地中に潜れるユニットは地中に潜ると攻撃はできないが隣接しているユニットの援護攻撃や援護防御ができます。

合体系ユニット（ボルテスやコンバトラーなど）に精神コマンド「期待」を使うと全員の気力が50回復するのでお得！